O Instituto visa, por meio da geração de tecnologias sustentáveis, desenvolver modelos adaptados para os sistemas especializados de produção, melhorando a qualidade e a competitividade da cadeia produtiva do café. Este modelo de gestão de pesquisa cria unidades especializadas para uso compartilhado, ao mesmo tempo em que fortalece as atividades do setor. Os recursos não são divididos, mas aplicados em estruturas, na instalação e na manutenção de equipamentos e pessoal necessários às pesquisas. Desta forma, racionaliza-se a aplicação dos recursos públicos e contribui-se para reforçar a integração da pesquisa em nível nacional e internacional.

Neste contexto, é importante enfatizar que, por meio da implantação do INCT do Café, foi criada uma importante estratégia de integração entre o Instituto e demais instituições parceiras, como a própria UFLA, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), Instituto Agronômico de Campinas (IAC), Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná (IDR-Paraná), Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper), Universidade Federal de Viçosa (UFV), Fundação Procafé e entidades da iniciativa privada.
Para alcançar os objetivos do INCT do Café, propôs-se o desenvolvimento de uma base de pesquisa técnica e científica, visando fornecer serviços e produtos inovadores.